3 ECTS credits
90 u studietijd
Aanbieding 1 met studiegidsnummer 1009826BNR voor alle studenten in het 1e semester met een verdiepend bachelor niveau.
In de cursus Bio-informatica wordt besproken :
- Inleiding tot web-based en locale databanken
- Gebruik van NCBI en ENSEMBL voor sequentie opzoekingen van genen, eiwitten en SNPs.
- Eiwit structuur opzoekingen en visualisatie
- Sequentie alignering, FASTA, BLAST.
- In silico PCR primer design.
- Introductie tot Vector NTI (database, explorer, AllignX)
- Moleculaire fylogenie
- Gen expressie analyse (uArray, RNASeq, scRNASeq), met opvolging door Gene ontology analyse en andere downstream analyses
Website van het laboratorium voor Levercelbiologie (LIVR) van Prof. L van Grunsven: http://livr.vub.ac.be/.
Co-titularis van Prof. L van Grunsven is Prof. Stefaan Verhulst (Stefaan.verhulst@vub.ac.be). Wat de theorie betreft zijn de in de lessen getoonde powerpointpresentaties beschikbaar via Canvas. Voor de practica zijn filmpjes van alle voorbeeldoefening en individuele oefeningen beschikbaar via Canvas.
Aanvullend studiemateriaal
1.Lesk A.M. :Introduction to Bioinformatics (second edition). Oxford University Press, UK, 2013
2. Paul G. Higgs and Teresa K. Attwood. Bioinformatics and Molecular Evolution, Blackwell Publishing Ltd, 2005.
3.Bios; Instant Notes Bioinformatics (second edition), T. Charlie Hodgman, Andrew French and David R. Westhead, Taylor and Francis Group, 2010.
Het doel van het vak Bio-informatica is de studenten vertrouwd te maken met computer applicaties die gebruikt worden om biologische data, in het bijzonder nucleïnezuur- en eiwitsequenties maar ook grote groepen van genen, te analyseren. De output aan biologische data is tegenwoordig zo groot en complex dat ze onmogelijk te analyseren valt met pen en papier. In deze cursus maken we enkel gebruik van Personal Computers onder MS Windows.
De eindcompetenties van de cursus zijn de volgende :
•Goed inzicht hebben in het gebruik van NCBI en Ensembl browsers
•Informatie van nucleïnezuur- en eiwitsequentie kunnen opzoeken, opslaan en bewerken,
•Basiskennis van in silico annotaties en kloneringen van nucleïnezuursequenties,
•Basiskennis van het werken met grote data-sets, en de interpretatie daarvan
•Goed inzicht hebben in de online tools die gebruikt kunnen worden in de bio-informatica,
Het niveau waarop de studenten de eindtermen moeten beheersen, is niveau 2, d.w.z. de studenten hebben grondige theoretische parate kennis van het onderwerp en beschikken over de basisvaardigheden om bio-informatica problemen op te lossen.
De beoordeling bestaat uit volgende opdrachtcategorieën:
Examen Schriftelijk bepaalt 20% van het eindcijfer
Examen Praktijk bepaalt 60% van het eindcijfer
WPO Praktijkopdracht bepaalt 20% van het eindcijfer
Binnen de categorie Examen Schriftelijk dient men volgende opdrachten af te werken:
Binnen de categorie Examen Praktijk dient men volgende opdrachten af te werken:
Binnen de categorie WPO Praktijkopdracht dient men volgende opdrachten af te werken:
De WPOs/practica zijn verplicht, dus voor elke afwezigheid is een attest van gewettigde afwezigheid vereist. Drie maal ongewettigde afwezigheid zal leiden tot uitsluiting van de testen en examens. De student dient bij afwezigheid de dag zelf nog persoonlijk contact op te nemen met de titularis via email. De WPO oefeningen die besproken zijn tijdens de WPO kunnen door de student zelf worden gemaakt om eventueel, in geval van problemen, in een volgende les (of een aparte afspraak) met de titularis door te nemen.
Er worden 2 testen afgenomen tijdens twee "Praktische Oefeningen/tests". Deze tellen elk voor 10% mee voor het eindcijfer. Bij gewettigde afwezigheid kunnen deze testen voor de daaropvolgende les worden ingehaald na overleg met de titularis.
Het examen is schriftelijk en bestaat uit korte invulvragen over de theoretische lessen, gevolgd door meerdere praktische oefeningen aan de PC.
Indien een student een onvoldoende behaalt op de totaalscore dan is het mogelijk om, in overleg met de titularis, de deelpunten over te zetten van de 1ste naar de 2de zittijd, enkel binnen hetzelfde academiejaar.
Deze aanbieding maakt deel uit van de volgende studieplannen:
Bachelor in de biomedische wetenschappen: Standaard traject
Bachelor in de biomedische wetenschappen: Verkort traject
Bachelor in de biomedische wetenschappen: traject voor studenten met professioneel bachelordiploma Biomedische Laboratoriumtechnologie van de Erasmus Hogeschool Brussel