5 ECTS credits
125 u studietijd

Aanbieding 1 met studiegidsnummer 4017442FNR voor alle studenten in het 1e semester met een gespecialiseerd master niveau.

Semester
1e semester
Inschrijving onder examencontract
Niet mogelijk
Beoordelingsvoet
Beoordeling (0 tot 20)
2e zittijd mogelijk
Ja
Onderwijstaal
Engels
Faculteit
Faculteit Wetenschappen en Bio-ingenieurswetensch.
Verantwoordelijke vakgroep
Bio-ingenieurswetenschappen
Onderwijsteam
Jo Van Ginderachter
Steven Ballet (titularis)
Timo De Groof
Onderdelen en contacturen
26 contacturen Hoorcollege
52 contacturen Zelfwerk en -studie
Inhoud

Part Combinatorial Chemistry

The next topics are discussed:

  • Solution Phase Combinatorial Synthesis: Parallel synthesis, One-pot synthesis, scavengers, quenchers, resin-bound reagents, solution phase combinatorial chemistry using dendrimers, classical purification by extraction, fluorous phase chemistry,
  • Solid Phase Combinatorial Synthesis: Resins, linkers, solution phase synthesis versus solid phase synthesis.
  • Mixed versus parallel synthesis,
  • Identification of the active components (Mix-and-split synthesis, micro analysis, Off-bead mass spectrometry, On-bead mass spectrometry, On-bead analysis with NMR spectroscopy, infrared spectrometry, iterative deconvolution, recursive method, positional scanning), encoding of libraries (chemical tagging, binary encoding, radio frequency (RF) markers, laser (optical) encoding, fluorescence encoding),
  • Dynamic combinatorial chemistry
  • Varying case studies

Part of Combinatorial BIO-chemistry:


In this part we review:

  • the construction and screening of genomic and cDNA banks.
  • the selection of peptide libraries via phage-display, introducing M13 gene3 containing phasmids, selection procedures and providing solutions to remediate the reduced performance of virions.
  • the alternative non-phage display systems and screenings, including in vitro selection systems such as SELEX, ribosome display, RNA peptide fusion and compartimentalised systems.
  • the selection techniques for functional entities and in vitro transcription/translation and protein interactions on µ-arrays and the generation of new man-made proteins.
  • Techniques to determine cellular characteristics via fluorescence (immunohistochemistry, fluorescence microscopy, flow cytometry)
  • Mass cytometry of cells
  • Techniques to determine the epigenome of cells (ATAC-seq, ChIP-seq)
  • Techniques to determine the transcriptome of individual cells (single cell RNA-seq)

 

 

Studiemateriaal
Digitaal cursusmateriaal (Vereist) : Combinatoriële biochemie, Notities en powerpoint presentaties
Cursustekst (Vereist) : Combinatoriële chemie, Cursustekst, notities en powerpoint presentaties, Door de prof
Cursustekst (Vereist) : Drug Design, Cursustekst, notities en powerpoint presentaties, Door de prof
Bijkomende info

N/A

Leerresultaten

General competencies

Part Combinatorial Chemistry

The student

  • understands the principles of combinatorial chemistry, both in solution and on solid phase, and their application in medicinal chemistry and the pharmaceutical industry .
  • understands the reactivity of the different conversions used during this course
  • is acquainted with (high-throughput) techniques (synthetic and analytical) used in combinatorial chemistry and knows their advantages and disadvantages.


Part of Combinatorial BIO-chemistry

The student understands

  • the various techniques used to construct immense large combinatorial libraries of bio-molecules
  • their screening in a high-throughput approach for functional biochemical molecules
  • the techniques to determine characteristics of individual cells, at the level of proteins, epigenome and transcriptome

 

Beoordelingsinformatie

De beoordeling bestaat uit volgende opdrachtcategorieën:
Examen Mondeling bepaalt 67% van het eindcijfer

Examen Schriftelijk bepaalt 33% van het eindcijfer

Binnen de categorie Examen Mondeling dient men volgende opdrachten af te werken:

  • examen mondeling met een wegingsfactor 2 en aldus 44.7% van het totale eindcijfer.

    Toelichting: Partim Combinatoriële BIO-chemie
  • examen mondeling met een wegingsfactor 1 en aldus 22.3% van het totale eindcijfer.

    Toelichting: Partim Combinatoriële Chemie

Binnen de categorie Examen Schriftelijk dient men volgende opdrachten af te werken:

  • examen schriftelijk met een wegingsfactor 1 en aldus 33% van het totale eindcijfer.

    Toelichting: Partim Combinatoriële Chemie

Aanvullende info mbt evaluatie

Part Combinatorial Chemistry (Prof S. Ballet)
Oral exam with written preparation and written examination

Part of Combinatorial BIO-chemistry (Prof Van Ginderachter/Devoogdt)
Oral examination with written preparation.

The final marks are the average of the grades obtained for each of the three parts. The student must succeed (10/20) for all three parts in order to pass the complete course.

If the student obtains at least half of the score for an individual part, partial marks are transferred to the second session and to the next academic year. Students may not relinquish partial marks.

 

Toegestane onvoldoende
Kijk in het aanvullend OER van je faculteit na of een toegestane onvoldoende mogelijk is voor dit opleidingsonderdeel.

Academische context

Deze aanbieding maakt deel uit van de volgende studieplannen:
Master of Molecular Biology: Standaard traject (enkel aangeboden in het Engels)