3 ECTS credits
80 u studietijd
Aanbieding 1 met studiegidsnummer 4019308FNR voor alle studenten in het 1e semester met een gespecialiseerd master niveau.
Het partim ‘Bioinformatica’ start met een introductie tot de meest courante biologische databanken, waarbij tevens de verschillende gangbare gegevensformaten in bioinformatica en verschillende databanktypes besproken zullen worden. Daarna zal ingegaan worden op het doorzoeken van deze databanken aan de hand van tekstinformatie. Vervolgens zullen principes aangegeven worden om deze databanken te doorzoeken met DNA- en eiwitsequentiegegevens gebruik makend van specifieke programma’s (bvb. BLAST). Hierbij zal dieper ingegaan worden op het principe van sequentiealignementen (scoren van alignementen, globale versus lokale alignementen). Vervolgens zullen methoden besproken worden voor multipele sequentiealignementen (ClustalW, T-Coffee, Muscle, etc) en zal het nut van deze methoden besproken worden in het perspectief van fylogenetische analyse. Tenslotte zal ingegaan worden op genoomanalyse (gen- en functiepredictie, genoomannotatie- en genoominformatieplatformen) en metagenoomsequentieanalyse (ecosysteemsamenstelling, functionele analyse). In de WPO-sessies zullen de studenten hands-on oefeningen oplossen handelend over biologische databanken, sequentiealignementen, etc. Voor de genoom- en metagenoomsequentieanalysen zal gebruik gemaakt worden van het “scientific workflow” platform Galaxy.
In het partim 'Industriële Systeembiologie' zal na een algemene inleiding tot systeembiologie, industriële systeembiologie, en de principes van fluxbalansanalyse enkele casussen besproken worden, waaronder productie van lysine, barnsteenzuur, biobrandstoffen en 1,3-propanediol, die aangeven op welke manier bioinformatica en omica gebruikt kunnen worden om processen in de industriële biotechnologie te optimaliseren.
Aanwezigheid tijdens de WPO-sessies is verplicht. Bij afwezigheid zal in overleg met de docent een alternatieve opdracht voorzien worden.
De Powerpoint-presentatie gebruikt tijdens de hoorcolleges en de opgaven voor de WPO-sessies worden ter beschikking gesteld via het leerplatform Canvas.
Na het volgen van het partim ‘Bioinformatica’ van dit studiedeel kunnen de studenten:
- Van de meest courante biologische databanken aangeven welke informatie in de databanken bewaard wordt.
- Gegevens opzoeken in de meest courante biologische databanken en platformen op basis van zowel tekst- als sequentiegegevens.
- De principes van de behandelde bioinformaticaprogramma’s en methoden voor sequentiealignementen, genoomannotatie en metagenoomsequentiedata-analyse bespreken en onderling vergelijken.
- De meest gangbare bioinformaticaprogramma’s gebruiken om (eigen) onderzoeksvraagstukken op te lossen.
Na het volgen van het partim 'Industriële Systeembiologie' van dit studiedeel kunnen de studenten:
- De basisprincipes van industriële systeembiologie bespreken
- Aantonen aan de hand van de behandelde casussen hoe industrieel biotechnologische processen door middel van een systeembiologische aanpak beter begrepen en verbeterd kunnen worden.
De beoordeling bestaat uit volgende opdrachtcategorieën:
Examen Mondeling bepaalt 100% van het eindcijfer
Binnen de categorie Examen Mondeling dient men volgende opdrachten af te werken:
Partim 'Bioinformatica': Mondeling examen na schriftelijke voorbereiding
Partim 'Industriële Systeembiologie': Mondeling examen na schriftelijke voorbereiding
Elk partim heeft een gewicht van 50 % in het eindcijfer op voorwaarde dat het deelcijfer op elk partim minstens 10/20 bedraagt. Indien het deelcijfer op ten minste een van de partims lager is dan 10/20, zal het eindcijfer gelijk zijn aan het laagste deelcijfer. Het deelcijfer van het partim waarvoor de student geslaagd is, wordt overgedragen naar de tweede zittijd. De student kan afstand doen van het deelcijfer voor het partim waarvoor hij geslaagd is, mits hij dit per e-mail meldt aan de titularis uiterlijk op 15 augustus (2e zittijd). Eenmaal de student gemeld heeft afstand te doen van zijn deelcijfer, verliest hij het deelcijfer onherroepelijk.
Deze aanbieding maakt deel uit van de volgende studieplannen:
Master in de bio-ingenieurswetenschappen: cel- en genbiotechnologie: medische biotechnologie
Master in de bio-ingenieurswetenschappen: cel- en genbiotechnologie: moleculaire biotechnologie
Master in de bio-ingenieurswetenschappen: cel- en genbiotechnologie: agrobiotechnologie
Master in de bio-ingenieurswetenschappen: chemie en bioprocestechnologie: voedingsbiotechnologie
Master in de bio-ingenieurswetenschappen: chemie en bioprocestechnologie: chemische biotechnologie
Master in de bio-ingenieurswetenschappen: chemie en bioprocestechnologie: biochemische biotechnologie