5 ECTS credits
150 h study time

Offer 1 with catalog number 4023413ENR for all students in the 2nd semester of even academic years (e.g. 2012-2013) at a (E) Master - advanced level.

Semester
biennial: 2nd semester of an even academic year (e.g. 2012-2013)
Enrollment based on exam contract
Impossible
Grading method
Grading (scale from 0 to 20)
Can retake in second session
Yes
Enrollment Requirements
Om een inschrijving te kunnen nemen voor 'Bioinformatics: Transcriptome analyse in R' moet men beschikken over het bachelordiploma Biomedische Wetenschappen.
Taught in
English
Faculty
Faculteit Geneeskunde en Farmacie
Department
Basis (bio-) medische wetensch
Educational team
Stefaan Verhulst
Leonardus van Grunsven (course titular)
Activities and contact hours
6 contact hours Lecture
36 contact hours Seminar, Exercises or Practicals
23 contact hours Independent or External Form of Study
Course Content

Nederlands

Dit vak heeft als doel:

  • Leren programmeren in R
  • Transcriptoom analyses kunnen uitvoeren door gebruik te maken van online beschikbare data
  • Werken met Microarray, RNAseq en scRNAseq data
  • Transcriptoom resultaten kunnen interpreteren en achterliggende technieken begrijpen.

...............................

English

  • Basic programming in R
  • Understand and perform transcriptome analysis using online available data sets.
  • Use microarray, RNAseq and scRNAseq data sets
  • Interpret transcriptomic data sets and understand the techniques that generated them.
Course material
Digital course material (Required) :
Additional info

............................

Learning Outcomes

Algemene competenties

  • Leerresultaten

    Nederlands

  • Formuleren van complexe onderzoeksvragen, zo grondig mogelijk ondezoek van relevante wetenschappelijke literatuur en ontwerpen van een onderzoeksplan, met inbegrip van de methode selectie en techniek voor de generatie van de data gevolgd door de correcte intepretatie van de data.
  • Een kritische houding tegenover zijn/haar onderzoeks data en dat van anderen en heeft de capaciteit om correcte wetenschappelijke methoden te onderscheiden van pseudo-wetenschap.
  • Presenteren van resultaten verkregen op een wetenschappelijke correcte manier voor een nationaal en internationaal publiek gebruikmakend van moderne communicatie middelen
  • Inzicht in het internationale karakter van wetenschappelijk onderzoek

  •  

    English

  • Formulate complex research questions, research the relevant literature as exhaustively as possible and design a research plan, including the selection of methods and techniques for the generation of data, followed by correct interpretation of the data.
  • A critical attitude towards his/her own research data and those of others and has the ability to distinguish correct scientific methods from pseudo-science.
  • Present the obtained results in a scientifically sound manner to a national and international audience using modern means of communication
  • Insight into the international character of scientific research

Grading

The final grade is composed based on the following categories:
PRAC Presentation determines 80% of the final mark.
PRAC Practical Assignment determines 20% of the final mark.

Within the PRAC Presentation category, the following assignments need to be completed:

  • WPO Verslag with a relative weight of 80 which comprises 80% of the final mark.

Within the PRAC Practical Assignment category, the following assignments need to be completed:

  • Examen mondeling with a relative weight of 20 which comprises 20% of the final mark.

Additional info regarding evaluation

Nederlands

Test tijdens semester na de eerste 6 WPOs: Basic R skills (20 %)

Examen: Uitwerken van een/meerdere transcriptoom datasets en mondelinge presentatie van de finale analyse. Dit is individueel of een groepswerk van maximaal 2 personen.
Score: 80 % voor presentatie en bijbehorend verslag, inclusief het gebruikte R Script.
De opdracht wordt al vroeg tijdens het semester meegegeven en zal ook begeleid worden tijdens de WPOs.

 

Engels.

There will be a first test after the first 6 practical sessions: Basic R Skills (20%)

Exam: Analyse and present/explain one or more transcriptomic data sets during an oral presentation. This can be individually done or as a group of 2 persons.

Score: 80% for the presentation and written report which includes the Rscript used for the analysis.

The assignment will be given at the start of the course and the students will be assisted by the teachers and assistant during the WPOs.  

 

Allowed unsatisfactory mark
The supplementary Teaching and Examination Regulations of your faculty stipulate whether an allowed unsatisfactory mark for this programme unit is permitted.

Academic context

This offer is part of the following study plans:
Master of Biomedical Research: Standaard traject