4 ECTS credits
100 u studietijd
Aanbieding 1 met studiegidsnummer 1024213ANR voor alle studenten in het 2e semester met een inleidend bachelor niveau.
Dit opleidingsonderdeel start met een gedetailleerde beschrijving van tweede- en derdegeneratie DNA-sequentietechnologieën, inclusief de voor- en nadelen en onderlinge vergelijking. Daarna worden genomica, metagenomica en (meta)transcriptomica besproken, waarbij telkens ingegaan wordt op zowel de basisprincipes als strategieën om deze in een onderzoekscontext toe te passen. Daarna volgt een introductie tot bio-informatica, te beginnen met een overzicht van de meest courante biologische databanken. Daarna zal ingegaan worden op het doorzoeken van deze databanken aan de hand van tekstinformatie. Vervolgens zullen principes aangegeven worden om deze databanken te doorzoeken met DNA- en eiwitsequentiegegevens gebruik makend van specifieke programma’s (bvb. BLAST). Hierbij zal dieper ingegaan worden op het principe van sequentiealignementen (scoren van alignementen, globale versus lokale alignementen). Vervolgens zullen methoden besproken worden voor multipele sequentiealignementen (ClustalW, T-Coffee, Muscle, etc) en zal het nut van deze methoden besproken worden in het perspectief van fylogenetische analyse. Tenslotte zal ingegaan worden op genoomanalyse (gen- en functiepredictie, genoomannotatie- en genoominformatieplatformen). In de WPO-sessies zullen de studenten hands-on oefeningen oplossen handelend over biologische databanken, sequentiealignementen, etc. Voor de genoom- en metagenoomsequentieanalysen zal gebruik gemaakt worden van het scientific workflow platform Galaxy.
/
Na het volgen van dit opleidingsonderdeel kunnen de studenten:
- De principes van tweede- en derdegeneratie sequentiemethoden kunnen bespreken.
- De sequentiemethoden met elkaar kunnen vergelijken en een sterkte/zwakte-analyse kunnen uitvoeren.
- Zelf een strategie ontwikkelen om onderzoeksvragen in (meta)genomica en (meta)transcriptomica op te lossen
- Van de meest courante biologische databanken aangeven welke informatie in de databanken bewaard wordt.
- Gegevens opzoeken in de meest courante biologische databanken en platformen op basis van zowel tekst- als sequentiegegevens.
- De principes van de behandelde bio-informaticaprogramma’s en methoden voor sequentiealignementen, genoomannotatie en metagenoomsequentiedata-analyse bespreken en onderling vergelijken.
- De meest gangbare bio-informaticaprogramma’s gebruiken om (eigen) onderzoeksvraagstukken op te lossen.
De beoordeling bestaat uit volgende opdrachtcategorieën:
Examen Mondeling bepaalt 100% van het eindcijfer
Binnen de categorie Examen Mondeling dient men volgende opdrachten af te werken:
/
Deze aanbieding maakt deel uit van de volgende studieplannen:
Bachelor in de bio-ingenieurswetenschappen: Standaard traject