5 ECTS credits
150 u studietijd

Aanbieding 1 met studiegidsnummer 4023413ENR voor alle studenten in het 2e semester van een even academiejaar (bvb. 2012-2013) met een verdiepend master niveau.

Semester
tweejaarlijks: 2e semester van een even academiejaar (bvb. 2012-2013)
Inschrijving onder examencontract
Niet mogelijk
Beoordelingsvoet
Beoordeling (0 tot 20)
2e zittijd mogelijk
Ja
Inschrijvingsvereisten
Om een inschrijving te kunnen nemen voor 'Bioinformatics: Transcriptome analyse in R' moet men beschikken over het bachelordiploma Biomedische Wetenschappen.
Onderwijstaal
Engels
Faculteit
Faculteit Geneeskunde en Farmacie
Verantwoordelijke vakgroep
Basis (bio-) medische wetenschappen
Onderwijsteam
Stefaan Verhulst
Leonardus van Grunsven (titularis)
Onderdelen en contacturen
6 contacturen Hoorcollege
36 contacturen Werkcolleges, practica en oefeningen
23 contacturen Zelfstudie en externe werkvormen
Inhoud

Nederlands

Dit vak heeft als doel:

  • Leren programmeren in R
  • Transcriptoom analyses kunnen uitvoeren door gebruik te maken van online beschikbare data
  • Werken met Microarray, RNAseq en scRNAseq data
  • Transcriptoom resultaten kunnen interpreteren en achterliggende technieken begrijpen.

...............................

English

  • Basic programming in R
  • Understand and perform transcriptome analysis using online available data sets.
  • Use microarray, RNAseq and scRNAseq data sets
  • Interpret transcriptomic data sets and understand the techniques that generated them.
Studiemateriaal
Digitaal cursusmateriaal (Vereist) :
Bijkomende info

............................

Leerresultaten

Algemene competenties

  • Leerresultaten

    Nederlands

  • Formuleren van complexe onderzoeksvragen, zo grondig mogelijk ondezoek van relevante wetenschappelijke literatuur en ontwerpen van een onderzoeksplan, met inbegrip van de methode selectie en techniek voor de generatie van de data gevolgd door de correcte intepretatie van de data.
  • Een kritische houding tegenover zijn/haar onderzoeks data en dat van anderen en heeft de capaciteit om correcte wetenschappelijke methoden te onderscheiden van pseudo-wetenschap.
  • Presenteren van resultaten verkregen op een wetenschappelijke correcte manier voor een nationaal en internationaal publiek gebruikmakend van moderne communicatie middelen
  • Inzicht in het internationale karakter van wetenschappelijk onderzoek

  •  

    English

  • Formulate complex research questions, research the relevant literature as exhaustively as possible and design a research plan, including the selection of methods and techniques for the generation of data, followed by correct interpretation of the data.
  • A critical attitude towards his/her own research data and those of others and has the ability to distinguish correct scientific methods from pseudo-science.
  • Present the obtained results in a scientifically sound manner to a national and international audience using modern means of communication
  • Insight into the international character of scientific research

Beoordelingsinformatie

De beoordeling bestaat uit volgende opdrachtcategorieën:
WPO Presentatie bepaalt 80% van het eindcijfer

WPO Praktijkopdracht bepaalt 20% van het eindcijfer

Binnen de categorie WPO Presentatie dient men volgende opdrachten af te werken:

  • WPO Presentatie met een wegingsfactor 80 en aldus 80% van het totale eindcijfer.

Binnen de categorie WPO Praktijkopdracht dient men volgende opdrachten af te werken:

  • WPO Praktijkopdracht met een wegingsfactor 20 en aldus 20% van het totale eindcijfer.

Aanvullende info mbt evaluatie

Nederlands

Test tijdens semester na de eerste 6 WPOs: Basic R skills (20 %)

Examen: Uitwerken van een/meerdere transcriptoom datasets en mondelinge presentatie van de finale analyse. Dit is individueel of een groepswerk van maximaal 2 personen.
Score: 80 % voor presentatie en bijbehorend verslag, inclusief het gebruikte R Script.
De opdracht wordt al vroeg tijdens het semester meegegeven en zal ook begeleid worden tijdens de WPOs.

 

Engels.

There will be a first test after the first 6 practical sessions: Basic R Skills (20%)

Exam: Analyse and present/explain one or more transcriptomic data sets during an oral presentation. This can be individually done or as a group of 2 persons.

Score: 80% for the presentation and written report which includes the Rscript used for the analysis.

The assignment will be given at the start of the course and the students will be assisted by the teachers and assistant during the WPOs.  

 

Toegestane onvoldoende
Kijk in het aanvullend OER van je faculteit na of een toegestane onvoldoende mogelijk is voor dit opleidingsonderdeel.

Academische context

Deze aanbieding maakt deel uit van de volgende studieplannen:
Master of Biomedical Research: Standaard traject (enkel aangeboden in het Engels)